Известно, что острая инфекционная диарея как причина заболеваемости человека -стоит на втором месте после острых респираторных заболеваний. Многие инфекционные диареегенные агенты имеют тропизм к толстой кишке. Они внедряются в слизистую оболочку и вызывают лихорадку, кровянисто-слизистый стул и выделение экссудата, в котором микроскопически обнаруживают большое количество лейкоцитов. К патогенным микроорганизмам, вызывающим воспалительные заболевания кишечника, относятся возбудители амебиаза, дизентерии, сальмонеллеза, кампилобактериоза, иерсиниоза, клостридиоза.

Кроме инфекционных поражений, к воспалительным заболеваниям кишечника относятся болезнь Крона и язвенный колит.